Odată cu izbucnirea războiului, Germania a început primul stadiu a ceea ce avea să fie numit Holocaust, masacrarea premeditată, la scară industrială, a 9 până la 11 milioane de oameni, (cifrele sunt aproximative). Grupurile considerate "indezirabile" îi includeau, în special, pe evrei, polonezi, prizonierii ruși de război, slavi, romi, sinti, persoanele cu probleme mentale sau handicapuri fizice, homosexualii, Martorii lui Iehova, disidenții politici și comuniștii.

​

Deși toate aceste grupuri au fost ținta asasinatelor germane, evreii au fost ținta principală a uciderilor în masă, între 5 și 6 milioane de evrei fiind uciși de naziști și de colaboratorii lor.

​

La început, germanii foloseau plutoanele de execuție, Einsatzgruppen, pentru a duce la îndeplinire masacre de proporții în aer liber, în unele cazuri fiind împușcați până la 33.000 de oameni într-o singură zi, ca de exemplu la Babi Yar. Din 1942, conducerea nazistă a hotărât punerea în aplicare a Soluției Finale (Endlösung), genocidul evreilor europeni, și mărirea ritmului și proporțiilor uciderilor. În vreme ce în lagărele de concentrare și în lagărele de muncă erau întemnițați inamicii politici ai naziștilor încă din perioada de după cucerirea puterii, în 1933, conducerea nazistă a luat hotărârea construirii a șase noi lagăre de exterminare, special concepute pentru uciderea evreilor. Printre acestea, cele mai importante au fost lagărul de exterminare de la Treblinka și lagărul de exterminare de la Auschwitz. Milioane de evrei au fost strânși în ghetouri supraaglomerate, de unde au fost mai apoi transportați către "lagărele morții", unde erau gazați sau împușcați, de cele mai multe ori imediat după ce erau coborâți din trenurile de transport.

​

LAGĂRELE DE CONCENTRARE

​

În afară de lagărele naziste de concentrare, Gulagurile sovietice, (lagărele de muncă), au provocat moartea multor cetățeni din țările ocupate de ruși: Polonia, Lituania, Letonia, Estonia și Basarabia, a prizonierilor de război germani, precum și a unor cetățeni sovietici considerați oponenți ai regimului stalinist, sau membri ai unor grupuri etnice considerate neloiale URSS (cecenii, de exemplu).

​

Lagărele japoneze de prizonieri de război aveau, de asemenea, o rată a mortalității foarte ridicate, mulți dintre prizonieri americani sau englezi fiind folosiți la munci extenuante, în condiții foarte proaste de alimentație, nu cu mult mai bune decât în lagărele germane de concentrare.

​

În SUA și Canada, sute de mii de nord-americani originari din Japonia au fost internați de guvernele țărilor respective. Deși în aceste lagăre internații nu erau supuși la munci grele, izolarea forțată și condițiile de viață sub standardul normal erau o obișnuință.

​